สำนักงานอธิการบดี มหาวิทยาลัยเทคโนโลยีราชมงคลพระนคร จัดตั้งขึ้นตามกฎกระทรวงศึกษาธิการ โดยอาศัยอำนาจตามความในมาตรา 6 และมาตรา 9 วรรคหนึ่งแห่งพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยเทคโนโลยีราชมงคล พ.ศ. 2548 ให้จัดตั้งสำนักงานอธิการบดี เป็นส่วนราชการในมหาวิทยาลัยเทคโนโลยีราชมงคลพระนคร ประกาศในราชกิจจานุเบกษา เมื่อวันที่ 27 พฤศจิกายน 2549 ซึ่งต่อมากระทรวงศึกษาธิการได้ออกประกาศกระทรวงศึกษาธิการ เรื่องการแบ่งส่วนราชการในมหาวิทยาลัยเทคโนโลยีราชมงคลพระนคร พ.ศ. 2550 ให้แบ่งส่วนราชการในสำนักงานอธิการบดี ดังนี้ คือ
- กองกลาง
- กองคลัง
- กองนโยบายและแผน
- กองบริหารงานบุคคล
- กองพัฒนานักศึกษา